עקרון העבודה של מעקר המעבדה כרוך בעיקר בעקרונות הבסיסיים של תרמודינמיקה ומיקרוביולוגיה, ואפקט העיקור מושג על ידי בקרת הטמפרטורה והזמן. באופן ספציפי:
טיפול בחום: העוקר הורג מיקרואורגניזמים, בעיקר חיידקים, וירוסים ושמרים, על ידי חימום. טמפרטורה גבוהה יכולה להרוס ביעילות את מבנה התא של מיקרואורגניזמים, ולגרום להם לאבד פעילות ביולוגית.
בקרת טמפרטורה: בדרך כלל המעיקר יכול לשלוט במדויק על הטמפרטורה של הפריטים המעובדים. בעיבוד מזון, בדרך כלל נבחרת ומוחזקת טמפרטורה ספציפית לזמן מסוים כדי להבטיח אפקט עיקור יעיל תוך צמצום ההשפעות השליליות על איכות המוצר.
מדיום העברת חום: המעיקר בדרך כלל משתמש בקיטור או במים חמים כמדיום העברת חום, שיכול להעביר חום למוצר כדי להגיע לטמפרטורה הנדרשת לעיקור.
בקרת לחץ: בדרך כלל אטום העיקור כדי למנוע כניסה של אוויר חיצוני ולהשפיע על אפקט העיקור. נקודת הרתיחה של המים מוגברת על ידי הגדלת הלחץ הפנימי, ובכך משיגה טמפרטורת עיקור גבוהה יותר.